改善舟山市普陀區島際交通條件，提升普陀對外窗口形象，迎接大橋經濟，以促進經濟的發展，舟山市普陀區港航管理局普陀分局決定對舟山港沈家門客運中心進行改造。 2009年10月5日舟山市普陀區發展和改革局核準該碼頭改造工程，批復文號：普發改投［2009］210號。2010年11月18日舟山市普陀區發展和改革局批準了該項目的初步設計，批復文號：普發改投［2010］217號。2013年2月28日舟山市普陀區發展和改革局批準了該項目的初步設計調整申請，批復文號：普發改審［2013］16號。調整的主要內容為：原設計內容為改建原有5個客運泊位（36×9m），調整為改建3個客運泊位（42×9m）和2個客運泊位（36×9m），相應岸線長度由195m調整為210m。